Natura 2000 a souvent été critiqué et même rejeté par les éleveurs pyrénéens. Situation de rejet souvent dûe aux conséquences d'une mauvaise information. Natura 2000 peut être une chance de développement et de reconnaissance du pastoralisme en participant au maintien de la biodiversité et à l'entretien des paysages et des habitats.
Dans le cadre du Réseau Natura 2000, destiné à préserver la biodiversité sur le territoire de l'Union Européenne, l'Etat a confié l'étude de six sites
d'intérêt communautaire des Hautes-Pyrénées au Parc National, ainsi désigné "opérateur".
Il est chargé d'évaluer la richesse écologique et l'état de santé de chaque zone. Il organise la concertation entre les élus, l'Etat, les usagers et les propriétaires.
Il propose ensuite un "Document d'Objectifs" qui fixe les buts à atteindre pour six ans et les actions à mettre en oeuvre pour y parvenir, le but étant de préserver le
patrimoine naturel tout en respectant les activités socio-économiques.
La conservation des estives passe par un soutien au pastoralisme, voir même son développement sur certaines estives sous-pacagées.
Ceci suppose la présence de bergers et donc la construction et/ou l'aménagement de cabanes pour loger ces bergers.
Cet objectif constitue parfois de gros investissements et ne pourront se mettre en place qu'avec le temps ne serait-ce que pour des raisons
de délais d'études, de construction et de formation des bergers.
Nous pouvons constater qu'il n'est jamais question de l'ours en tant qu'animal spécifique.
Il est un élément de la biodiversité parmi d'autres.
Le soutien du pastoralisme participe au soutien à la présence de l'ours par la surveillance des troupeaux.
Néanmoins, cette idée reste incompatible avec l'arrêté ministériel créant l'AOC "Barèges-Gavarnie" qui prévoit un parcours libre sans garde des troupeaux.